L'établissement est soumis au régime financier et comptable fixé par les décrets n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et n° 99-575 du 8 juillet 1999 relatif aux modalités d'application de certaines décisions financières des établissements publics de l'Etat.
(Art. 29 du décret n° 2007-890 du 15 mai 2007 portant création, organisation et fonctionnement de l'Etablissement public des fonds de prévoyance militaire et de l'aéronautique.)