Dans le respect de l'article R. 3417-22, la Caisse des dépôts et consignations assure la gestion administrative, financière et comptable des deux fonds dans les conditions fixées par une convention conclue avec l'établissement et agréée par l'Etat.
Les gestions financière et comptable des deux fonds sont distinctes l'une de l'autre.
(Art. 23 du décret n° 2007-890 du 15 mai 2007 portant création, organisation et fonctionnement de l'Etablissement public des fonds de prévoyance militaire et de l'aéronautique.)