Le directeur est nommé par arrêté du ministre de la défense. La durée de son mandat est de trois ans renouvelable une fois.
(Art. 8 du décret n° 2007-890 du 15 mai 2007 portant création, organisation et fonctionnement de l'Etablissement public des fonds de prévoyance militaire et de l'aéronautique.)