Le président du conseil d'administration est nommé par décret sur le rapport du ministre de la défense. La durée de son mandat est de trois ans renouvelable une fois.
Un suppléant du président du conseil d'administration est nommé par arrêté du ministre de la défense pour une durée de trois ans renouvelable une fois.
(Art. 7 du décret n° 2007-890 du 15 mai 2007 portant création, organisation et fonctionnement de l'Etablissement public des fonds de prévoyance militaire et de l'aéronautique.)