Le directeur général est nommé par décret pour une durée de trois ans renouvelable. Nul ne peut être nommé s'il ne possède les qualifications reconnues par l'Organisation hydrographique internationale pour l'exercice de ses responsabilités en matière de sécurité de la navigation.
(Art. 11 du décret n° 2007-800 du 11 mai portant création, organisation et fonctionnement de l'établissement public administratif Service hydrographique et océanographique de la marine [SHOM].)