Le président du conseil d'administration est nommé par décret du Président de la République sur proposition du ministre de la défense et du ministre chargé de l'emploi. La durée de son mandat est de trois ans renouvelables. Le conseil d'administration élit en son sein un vice-président qui supplée le président en cas d'absence ou d'empêchement de ce dernier.
(Art. 5 du décret n° 2005-887 du 2 août 2005 relatif à l'organisation et au fonctionnement de l'établissement public d'insertion de la défense.)