Le secrétariat général assure le traitement et la coordination des sujets qui concernent l'ensemble du service à compétence nationale, sans préjudice des compétences des sous-directions et des missions. A ce titre, il est notamment chargé des questions juridiques, du contrôle de gestion, de la qualité, de la veille, de la communication, des relations extérieures ainsi que de la gestion des fonctions support du service.