Les frais bancaires d'ouverture et de gestion de comptes sont éligibles lorsque la mise en œuvre d'une opération nécessite l'ouverture d'un compte ou de plusieurs comptes séparés, rendue obligatoire par une clause explicite dans l'acte attributif de l'aide.
Les frais de conseil juridique, les frais de notaire, les frais d'expertise technique et financière sont éligibles s'ils sont liés et strictement nécessaires à l'opération et rendus obligatoires par une clause explicite dans l'acte attributif de l'aide.
Les coûts des garanties fournies par une banque ou un autre organisme financier sont éligibles si ces garanties sont requises par la législation communautaire ou nationale. Elles font l'objet d'une clause explicite dans l'acte attributif de l'aide.
Les amendes, les pénalités financières et les frais de contentieux ne sont pas éligibles au Fonds européen pour la pêche.
Dans le cas d'un marché public de travaux, la retenue de garantie devient éligible dès lors qu'elle est effectivement versée au moment du solde du marché. La retenue de garantie non payée à la clôture des paiements du programme n'est pas éligible.