En cas d'empêchement du ministre d'Etat, ministre l'écologie, de l'énergie, du développement durable et de l'aménagement du territoire, la présidence est assurée par le secrétaire général du ministère l'écologie, de l'énergie, du développement durable et de l'aménagement du territoire. En cas d'empêchement de ce dernier, elle est assurée par la directrice, adjointe au secrétaire général ou en l'absence de cette dernière par le directeur des ressources humaines.