La commission instituée par l'article R. 123-51 du code de la sécurité sociale est composée de la façon suivante :
Représentants des ministres chargés du contrôle :
― le directeur des affaires financières, sociales et logistiques ou son représentant, président ;
― le directeur général des finances publiques au ministère du budget, des comptes publics et de la fonction publique ou son représentant, lorsque la commission doit statuer sur la situation d'un agent comptable ;
― le sous-directeur du travail et de la protection sociale au ministère de l'agriculture et de la pêche ou son représentant, lorsque la commission doit statuer sur la situation d'un agent de direction.
Représentants élus des agents de direction et des agents comptables des organismes de mutualité sociale agricole :