La commission siège, par collège, en formation restreinte en matière disciplinaire et lorsqu'elle est saisie par un agent d'une requête relative à son évaluation.
Dans ce cas, les représentants du personnel titulaires et suppléants, élus au titre du collège dont relève l'agent, ainsi qu'un nombre égal de représentants de l'administration sont appelés à délibérer.
Pour délibérer valablement en formation restreinte, la moitié des membres des collèges n°s 2 et 3 doivent être présents lors de l'ouverture de la réunion.
Dans les autres cas, la commission est convoquée en assemblée plénière.