Les comptes financiers des universités Strasbourg-I, Strasbourg-II et Strasbourg-III relatifs à l'exercice 2008 sont respectivement établis par les agents comptables en fonction lors de la suppression de chaque université. Ils sont approuvés par le conseil d'administration de l'université de Strasbourg.
L'assemblée constitutive provisoire adopte, pour l'année 2009, le budget de l'université de Strasbourg préparé par l'administrateur provisoire.