Le secrétariat des comités est assuré par des agents relevant des services de l'Etat ou des organismes de protection sociale.
Dans les régions et départements mentionnés en annexes I et II, le secrétariat des comités prépare les travaux en concertation avec le secrétaire permanent du comité opérationnel de lutte contre le travail illégal du ou des départements. Il les informe du programme de travail et leur transmet notamment les procès-verbaux des réunions qui se sont tenues.
Dans les départements mentionnés en annexe III, le secrétariat des comités assure notamment les fonctions de secrétaire permanent énumérées à l'article 11 du décret du 18 avril 2008 susvisé. Ses membres sont désignés conjointement par le préfet et le procureur de la République.