La perte économique « Pe » est calculée de la manière suivante :
Pour les chalutiers, la période indicative pour établir la perte économique est la période de la pêche de l'anchois telle que définie par les accords d'Arcachon, soit du 1er juin au 30 novembre, c'est-à-dire (N = 213 jours).
Pour les bolincheurs, la période indicative pour établir la perte économique est l'année telle que définie par les accords d'Arcachon, soit du 10 janvier au 30 novembre (N = 326 jours).
Il s'agit par conséquent d'estimer la perte liée à un arrêt de pêche de 60 jours maximum, auxquels s'ajoutent les éventuelles bonifications, pour les chalutiers pélagiques et pour les bolincheurs à partir des données historiques :
Pe = (T × E × M) / N
avec E : valeur moyenne de la pêche toutes espèces confondues, toutes zones confondues pendant la période indicative sur les années 2000, 2001, 2002, 2003 et 2004 ;
avec T : taux à appliquer pour défalquer les charges variables non supportées par les bénéficiaires durant un arrêt par rapport aux activités de pêche.
T = 60 % pour les chalutiers car en moyenne les charges de carburant, engins... représentent 40 % du chiffre d'affaires ;
T = 90 % pour les bolincheurs car en moyenne les charges de carburant, engins... représentent 10 % du chiffre d'affaires,
avec N : nombre de jours sur la période indicative ;
avec M : nombre de jours de la période d'arrêt que le navire effectue.
Pour les navires entrés en flotte entre 2000 et 2004, le calcul s'effectue sur la base de la moyenne du chiffre d'affaires au cours des années effectivement concernées depuis la date de mise en activité.
Pour les navires acquis ou mis en service en 2005, 2006, 2007 ou avant le 1er mars 2008 et qui remplacent au sein d'un armement ou dans le cadre d'un fonctionnement par paire un navire anchoyeur respectant les critères d'éligibilité, le montant de l'aide 2008 est alors calculé sur la base du montant de l'aide qui aurait été octroyée au navire remplacé.
Le nouveau navire pourra bénéficier d'une aide 2008 si et seulement si l'armateur du navire remplacé ne sollicite pas une aide en 2008.
Pour les navires ayant bénéficié d'aides en 2005, 2006 ou 2007, le calcul de la perte économique effectué précédemment sera réutilisé.