Le secrétaire général assiste le ministre, en liaison avec les directions, dans la définition et la mise en œuvre de la stratégie de modernisation du ministère, de son organisation territoriale et de sa politique de gestion des ressources humaines. Il est responsable des missions de défense et de sécurité du ministère. Il est responsable des ressources humaines et des affaires financières du ministère de la justice. Il représente, en ces domaines, le ministre dans les instances interministérielles compétentes. Il est assisté par un secrétaire général adjoint, directeur.
Le secrétariat général assure la coordination des actions intéressant plusieurs directions. Il assure la synthèse des dossiers et documents stratégiques transversaux.
Le secrétariat général anime et coordonne l'action des responsables de programme de la mission justice et prépare les arbitrages ministériels dans le domaine budgétaire. Il assure l'harmonisation de la politique de gestion des ressources humaines au sein du ministère de la justice. Il définit et met en œuvre la politique de l'encadrement supérieur.
Il met en œuvre la politique de l'informatique et des technologies de l'information et de la communication au sein du ministère et assure le soutien des directions dans la réalisation des opérations d'investissement immobilier, notamment pour le compte des services judiciaires. Il conçoit et coordonne les actions ayant pour objet l'information statistique du ministère et assure le suivi des contentieux du ministère de la justice.
Il est chargé des actions de coopération européenne et internationale et apporte son appui aux directions compétentes dans la négociation d'accords internationaux.
Il met en œuvre les politiques ministérielles d'accès au droit et à la justice et de l'aide aux victimes.
Il élabore et met en œuvre la politique de communication du ministère de la justice.
Il est en charge de la politique d'études et de recherche du ministère.