Le secrétaire général tient le registre des avis du conseil et des comptes rendus du comité permanent. Il s'informe des suites données à ces avis ainsi qu'aux rapports des membres du conseil, sélectionnés par le bureau. Il assure, après leur remise aux ministres, la diffusion et la publication, le cas échéant par voie électronique, des avis et rapports et la communication, dans le respect des dispositions de la loi n° 78-753 du 17 juillet 1978 modifiée, des documents administratifs demandés au conseil.
Il assure les relations du conseil avec les autres corps ou services d'inspection générale.
Avec le concours d'un secrétaire général adjoint nommé parmi les membres permanents, il dirige les personnels qui concourent à l'administration du conseil et gère les moyens alloués pour son fonctionnement.
Il dirige le secrétariat général du Conseil général du développement durable et de l'environnement qui comporte :
― le bureau du personnel et des moyens généraux ;
― le bureau des systèmes d'information ;
― le bureau des rapports et de la documentation ;
― le bureau de la communication.