La direction générale des politiques agricole, agroalimentaire et des territoires comprend :
1. Le service de la production agricole, qui comprend :
1.1. La sous-direction des produits et marchés ;
1.2. La sous-direction des entreprises agricoles ;
2. Le service de la forêt, de la ruralité et du cheval, qui comprend :
2.1. La sous-direction de la forêt et du bois ;
2.2. La sous-direction du développement rural et du cheval.
3. Le service de la stratégie agroalimentaire et du développement durable, qui comprend :
3.1. La sous-direction de l'organisation économique, des industries agroalimentaires et de l'emploi ;
3.2. La sous-direction de la biomasse et de l'environnement.
4. Le service des relations internationales, qui comprend :
4.1. La sous-direction des affaires européennes ;
4.2. La sous-direction des échanges internationaux.
5. La sous-direction de la gouvernance.
6. La mission des affaires générales.