La mission des urgences sanitaires est chargée de la gestion des alertes, urgences et crises sanitaires dans les domaines animal, végétal et alimentaire, conjointement avec les services de la direction générale de l'alimentation et avec les autres services de l'Etat compétents, y compris déconcentrés. Elle a pour mission de préparer et suivre les procédures liées à la gestion des alertes et des crises sanitaires. Elle est chargée de l'entretien du réseau de contacts liés à la gestion des urgences sanitaires. Elle participe avec les autres services de l'Etat et l'Institut national de veille sanitaire à la gestion des crises sanitaires, en liaison avec les réseaux d'alerte communautaire et international. Elle est en charge de la gestion des plans d'urgence et du suivi des exercices réalisés dans le domaine.
Elle est la correspondante de la délégation à l'information et à la communication du secrétariat général pour les questions de communication.