La mission d'appui au pilotage de la performance est chargée du contrôle de gestion et du volet performance du programme budgétaire dont le directeur général est responsable, de la mise sous assurance qualité de la direction et des services de contrôle sanitaire, du suivi des audits internes et externes, de l'élaboration et du suivi du plan stratégique de la direction, du suivi des plans stratégiques des services de contrôle sanitaire, ainsi que du suivi des rapports d'inspection des services de contrôle sanitaire.