La mission du contrôle de gestion est placée auprès du directeur général. Elle lui apporte une aide au management dans l'organisation et le pilotage.
Elle est chargée de la conception et de l'actualisation des méthodes et des outils visant la maîtrise des différents volets de la performance de l'action de la direction, en liaison avec les systèmes d'information et l'organisation budgétaire et comptable, les services en charge des politiques et des moyens de la direction, et l'autorité académique pour l'enseignement agricole.
Elle conçoit et établit les éléments de méthodes pour l'organisation du dialogue de gestion avec l'autorité académique, d'une part, et les établissements d'enseignement supérieur, d'autre part.
Elle apporte un appui méthodologique aux établissements nationaux et locaux d'enseignement agricole public pour l'organisation de leur contrôle de gestion.