Le secrétaire général est assisté dans l'exercice de ses fonctions par :
― la mission d'administration des services, dont l'organisation est précisée par l'article 9 ;
― des fonctionnaires chargés de mission permanente d'inspection qui contribuent à la gestion des ressources humaines ; dans les services déconcentrés et en administration centrale, ils participent aux réflexions relatives au fonctionnement et à l'organisation des services et organisent les missions de contrôle et d'évaluation du fonctionnement des services ;
― la mission d'inspection des services de l'inspection du travail, de l'emploi et de la politique sociale agricoles. Cette mission, organe central prévu par la convention internationale n° 129 sur l'inspection du travail dans l'agriculture, est chargée de veiller au respect de l'indépendance de l'exercice des missions d'inspection du travail, de contrôler le fonctionnement des services de l'inspection du travail, de l'emploi et de la politique sociale agricoles et d'évaluer les fonctionnaires des corps interministériels de l'inspection du travail et des contrôleurs du travail placés pour l'exercice de leurs fonctions sous l'autorité du ministre de l'agriculture. Elle contribue, avec les sous-directions concernées, à l'orientation, à l'animation et au soutien des actions conduites par ces services ;
― la délégation à la mobilité et aux carrières, chargée des nominations aux emplois fonctionnels d'encadrement supérieur d'administration centrale et des services déconcentrés, assistée d'une mission de gestion de l'encadrement supérieur ;
― la mission de gestion du programme budgétaire « conduite et pilotage des politiques de l'agriculture ».
Le service des nouvelles des marchés lui est également rattaché.