Le conseil d'administration comprend quarante-huit membres ainsi répartis :
1° Membres de droit :
― six représentants de l'Etat, dont au moins un représentant du ministre chargé de l'agriculture, un représentant du ministre chargé de l'enseignement supérieur, un représentant du ministre chargé de la recherche, ou leurs suppléants, nommés par arrêté du ministre chargé de l'agriculture ;
― six représentants des collectivités territoriales sur le territoire desquelles sont situées les implantations principales de l'établissement, désignés respectivement par les conseils régionaux, les conseils généraux et les conseils municipaux, ou par l'assemblée délibérante de l'établissement public de coopération intercommunale compétent, ou leurs suppléants ;
2° Membres nommés :
― douze personnalités qualifiées, nommées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, représentatives des professions et des activités économiques, éducatives et de recherche présentant un lien avec les missions de l'établissement, dont deux choisies sur proposition du ministre chargé de la recherche, deux sur proposition du ministre chargé de l'enseignement supérieur et au moins un parmi les anciens élèves ;
3° Membres élus :
― cinq représentants des professeurs et personnels de niveau équivalent, ou leurs suppléants ;
― cinq représentants des maîtres de conférences et des autres personnels enseignants, ou leurs suppléants ;
― cinq représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service, ou leurs suppléants ;
― deux représentants des personnels scientifiques n'appartenant pas aux effectifs de l'établissement et exerçant leurs activités de recherche dans le cadre d'une unité de recherche à laquelle l'établissement participe, ou leurs suppléants ;
― sept représentants des étudiants dont un représentant des étudiants inscrits en doctorat dans l'établissement, ou leurs suppléants.
Le conseil d'administration élit un président et un vice-président en son sein parmi les personnes extérieures à l'établissement et n'assurant pas la représentation de l'Etat.