L'établissement est administré par un conseil d'administration. Il comporte un conseil scientifique, un conseil des enseignants et un conseil de l'enseignement et de la vie étudiante.
Il est dirigé par un directeur général assisté d'un ou plusieurs directeurs adjoints et d'un secrétaire général.
L'établissement est composé de deux centres de formation et de recherche, l'Institut national d'horticulture et de paysage d'Angers et l'Institut national d'enseignement supérieur et de recherche agronomique et agroalimentaire de Rennes.
Il comprend également des départements d'enseignement et de recherche, des unités de recherche, des services et, le cas échéant, des services communs, des instituts et des écoles, créés par délibération du conseil d'administration.