Le secrétariat général est chargé de l'administration générale du service, de la gestion des ressources humaines, des finances, du contrôle de gestion, de la comptabilité analytique, des contrats dont les marchés publics, des affaires hygiène et sécurité ainsi que des infrastructures et de la logistique du service.
Il comprend :
― la division ressources humaines (SG/RH), chargée de la gestion des ressources humaines du service, de la formation continue des personnels, des instances de concertation, des accidents de la circulation, des rentes et accidents de travail, de l'accueil, des déplacements, des distinctions honorifiques ;
― la division finance (SG/F), chargée de la préparation du suivi et de l'exécution du budget du SEFA, la gestion des engagements comptables et crédits de paiement, du mandatement des dépenses, du suivi comptable de l'ensemble des recettes du service, de la comptabilité matière et des immobilisations, de la régie de dépenses et recettes pour le site de Muret (échelon central et centre de formation), des audits et contrôles de fonctionnement des services comptables des centres (dépenses mandatées, recettes et dépenses) ;
― la division contrats et contrôle de gestion (SG/CCG), chargée du contrôle de gestion, qui englobe la comptabilité analytique et le pilotage par objectifs (PPO), de la gestion des marchés publics et des contrats de vente, de l'élaboration et du suivi financier de la facturation, des affaires juridiques de l'ensemble du SEFA ;
― la division infrastructures et logistique (SG/IL), chargée du suivi des dossiers d'infrastructures de l'ensemble des centres, et, notamment, des mises aux normes et réhabilitations, et de la gestion directe de l'entretien du site de Muret (échelon central et centre de formation), de la coordination des dossiers d'hygiène, de sécurité et d'environnement, de la gestion du parc des véhicules du SEFA.