La commission comprend six membres nommés par arrêté du Premier ministre pour une durée de trois ans renouvelable : un inspecteur général des finances, un inspecteur général de l'administration, un inspecteur général des affaires sociales, un membre du Conseil général de l'agriculture, de l'alimentation et des espaces ruraux ayant le grade d'inspecteur général ou d'ingénieur général ainsi que deux personnalités qualifiées dans le domaine de compétence de la commission ayant la qualité de fonctionnaire de catégorie A en activité ou honoraire. Pour chacun des membres, un suppléant est nommé dans les mêmes conditions.
Le président et le vice-président de la commission sont nommés par le Premier ministre parmi les membres titulaires des inspections générales mentionnées à l'alinéa précédent ou du Conseil général de l'agriculture, de l'alimentation et des espaces ruraux.
Le secrétaire général des affaires européennes ou son représentant peut assister aux réunions de la commission en qualité d'observateur, sauf lorsque celle-ci délibère sur les avis et les déclarations de clôture.