La commission définit l'organisation et l'orientation de l'ensemble des contrôles et veille à l'établissement et à l'exécution des programmes de vérification.
Elle adresse aux autorités impliquées dans la gestion et le contrôle des fonds visés par le présent décret, notamment les collectivités territoriales, et aux ministères concernés toute recommandation nécessaire pour améliorer les systèmes de gestion et de contrôle, leur propose les mesures appropriées pour remédier aux déficiences constatées et est informée des suites qui y sont données.
Elle est destinataire des synthèses des contrôles effectués tant par les inspections et conseils généraux ministériels, les administrations centrales et les services déconcentrés des départements ministériels concernés que par les organismes habilités chargés de la gestion, du contrôle et du paiement, notamment les collectivités territoriales, et les organismes par lesquels ont transité les concours pour en évaluer les résultats.
Pour les fonds relevant de sa compétence, elle vérifie les communications relatives aux irrégularités établies par les autorités françaises avant leur transmission à la Commission européenne en application du règlement (CE) n° 1681/94 du 11 juillet 1994 modifié et du règlement (CE) n° 1828/2006 du 8 décembre 2006 susvisés.