La commission se réunit au moins une fois par an. Les autres modalités de son fonctionnement sont précisées par un règlement intérieur approuvé par les ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la recherche.
Le secrétariat de la commission est assuré par la direction générale de la recherche et de l'innovation des ministères chargés de l'enseignement supérieur et de la recherche.