La subvention peut donner lieu, sur demande du bénéficiaire adressée au préfet de département, au versement d'un acompte, sous réserve que celui-ci atteigne la somme de 1 500 € et dans la limite de 80 % du montant de l'aide.
Conformément au règlement (CE) n° 1975/2006, une visite sur place avant paiement du solde peut être réalisée afin de vérifier la conformité des investissements ou opérations réalisés avec le projet pour lequel l'aide est octroyée.
Les paiements d'acompte et de solde s'effectuent sur la base de justificatifs de dépenses admissibles fournis par le bénéficiaire. L'éligibilité des dépenses pour lesquelles le bénéficiaire demande le versement de l'aide est vérifiée. En cas de différence, les réductions prévues à l'article 31 du règlement (CE) n° 1975/2006 sont appliquées.