Les membres de la commission sont nommés par arrêté du ministre de la défense pour une durée de deux ans, renouvelable deux fois. Pour chacun d'eux, à l'exception du directeur des ressources humaines du ministère de la défense, un suppléant est nommé dans les mêmes conditions. Le mandat de l'officier général admis dans la 2e section n'est renouvelable qu'une fois.
Les membres mentionnés aux 1° et 3° de l'article R. 4125-5 sont choisis parmi les officiers généraux en activité ou admis dans la 2e section depuis moins de dix-huit mois.
Pour le membre mentionné au 3° du même article, le suppléant est un officier général en activité si le titulaire nommé est un officier général en 2e section.
Un rapporteur général et des rapporteurs, ayant accompli au moins trois ans de services effectifs, sont choisis parmi les officiers et les fonctionnaires de catégorie A. Ils sont nommés par arrêté du ministre de la défense.
La commission dispose d'un secrétariat permanent placé sous l'autorité du président.