L'autorité chargée du contrôle financier sur l'Académie de marine, ci-après dénommée « le contrôleur », exerce une mission générale de surveillance de la gestion de cet établissement.
Dans ce cadre, le contrôleur peut évaluer, en liaison avec l'Académie de marine, les circuits et procédures mis en place. Il coordonne son intervention avec celle de l'agent comptable.