Conformément à l'article 3 du décret du 29 août 2006 susvisé, le rapporteur instruit l'affaire, en toute indépendance, dans le respect du principe du contradictoire. Il peut proposer au conseil toute mesure utile d'instruction, notamment toute production de pièces complémentaires par les parties, toute demande d'avis ou de pièces à des autorités publiques et tout recours à des expertises.
Sur proposition du rapporteur, le conseil peut mandater des agents du conseil afin de procéder aux constatations, en accord avec la partie concernée, en se transportant sur les lieux. Les autres parties sont invitées à assister à cette visite.
Les constatations faites donnent lieu à l'établissement d'un procès-verbal. Celui-ci est signé par les parties, qui en reçoivent copie aux fins d'observations éventuelles.
Le rapporteur propose au conseil de clore la procédure en cas de désistement de la partie plaignante ou d'accord survenu entre les parties avant le délibéré.