Le chef d'établissement peut être secondé dans ses tâches de gestion matérielle et financière par un agent nommé par le ministre chargé de la mer ou par le directeur régional des affaires maritimes.
Le chef d'établissement peut déléguer sa signature et une partie de ses attributions.
En cas d'absence ou d'empêchement, le chef d'établissement est suppléé par son adjoint s'il en existe un, notamment pour la présidence du conseil d'administration, du conseil de perfectionnement et de la formation professionnelle et du conseil de discipline. Toutefois, la suppléance n'a pas d'effet sur l'exercice des fonctions d'ordonnateur.
En cas d'absence ou d'empêchement du chef d'établissement, le directeur régional des affaires maritimes nomme un ordonnateur suppléant.