La gestion financière des établissements est soumise au contrôle du comptable du Trésor auprès de l'ambassade de France en Allemagne. Ce contrôle porte sur la régularité des opérations budgétaires et comptables, notamment sur la tenue de la comptabilité, la disponibilité des crédits et la justification des recettes et des dépenses effectuées.
A tout instant, le comptable du Trésor auprès de l'ambassade de France en Allemagne peut procéder ou faire procéder aux vérifications qu'il estime nécessaires.