Outre les services rattachés à la direction générale, le Centre national d'enseignement à distance comprend des instituts, une école d'ingénierie de la formation à distance et des unités communes de services.
Les instituts et l'école d'ingénierie de la formation à distance sont créés et supprimés par le conseil d'administration sur proposition du directeur général après avis du conseil d'orientation.
Les unités communes de services sont créées par décision du directeur général et rattachées soit à la direction générale, soit à un ou plusieurs instituts.
Les directeurs des instituts et de l'école et les responsables des unités communes de services sont nommés par le directeur général.