Le secrétariat de la commission est assuré par les services du département. Sauf dans le cas où la commission a le statut d'association, son fonctionnement et la préparation de son budget sont assurés par ces services sous l'autorité du président du conseil général.
Une convention entre le ou les départements, l'Etat et les autres collectivités territoriales intéressées ou leurs groupements définit les modalités de financement des travaux de la commission. Cette convention fixe les modalités selon lesquelles le secrétariat et, le cas échéant, la gestion de la commission lorsque celle-ci n'a pas le statut d'association, sont confiés à une autre des collectivités intéressées dans le cas où ceux-ci ne sont pas assurés par le département.
Le projet de budget est soumis par le président à l'approbation de la commission réunie en séance plénière ou à l'approbation de son bureau s'il en a reçu délégation. Il est voté par le conseil général.
A la fin de chaque exercice, un compte-rendu d'exécution du budget est présenté à la commission par son président lors de la séance d'approbation du compte administratif préalable au vote de l'assemblée délibérante sur ce dernier.
Un programme prévisionnel d'activité, le budget prévisionnel et un compte-rendu d'exécution du budget sont transmis par le président de la commission au préfet et à l'Autorité de sûreté nucléaire. Ils sont rendus publics.