Les assistants des hôpitaux des armées sont, compte tenu de leur choix de concours, affectés dans un hôpital d'instruction des armées, ou, le cas échéant, dans un autre organisme du service de santé des armées, situé dans le ressort de leur université ou de leur centre hospitalier de rattachement pendant la durée normale requise pour l'obtention de leur diplôme d'études spécialisées. Cette affectation est aussi communiquée à la direction régionale des affaires sanitaires et sociales concernée.
A l'exception des stages nécessairement effectués dans les centres hospitaliers régionaux faisant partie d'un centre hospitalier et universitaire et, en tant que de besoin, dans des disciplines dont le service de santé des armées ne dispose pas, les assistants des hôpitaux des armées accomplissent leurs stages semestriels de formation pratique dans les services agréés, hospitaliers ou non, du service de santé des armées.