Le paiement des aides est assuré par l'organisme payeur agréé au titre des dépenses relevant du règlement de développement rural.
Le versement des aides s'effectue sur présentation des pièces justificatives demandées.
Toutes les pièces justificatives doivent être transmises dès le départ du troupeau des communes situées à l'intérieur du premier ou du deuxième cercle et au plus tard dans les deux mois qui suivent la fin de l'engagement. En ce qui concerne les investissements matériels, les pièces justificatives doivent être transmises au plus tard dans les deux mois qui suivent la date de réalisation des investissements aidés dans le respect du délai fixé par instruction ministérielle pour leur acquisition. Cette disposition s'applique également aux contrats signés en 2007.