Le contrôleur suit la préparation et l'exécution du budget et de ses décisions modificatives. Il reçoit, à l'appui du projet de budget et de ses annexes, un état retraçant les grandes composantes de la masse salariale et de ses perspectives, un échéancier prévisionnel des entrées et sorties de personnel permanent et non permanent. Pour la surveillance de l'exécution du budget, le contrôleur reçoit, selon une périodicité et des modalités qu'il fixe après consultation de l'établissement, des situations de l'exécution du budget, en recettes et en dépenses, des états des personnels, les tableaux de bord relatifs à l'activité de l'établissement.
Le contrôleur est informé des perspectives financières pluriannuelles et reçoit à ce titre une présentation détaillée des opérations d'investissement permettant de le renseigner sur la capacité d'engagement de l'établissement.
Le contrôleur est associé à la préparation du contrat de performance et il reçoit les comptes rendus d'exécution de ce contrat, notamment quant à la contribution de l'établissement au programme dont il est opérateur.