Les fonctionnaires nommés dans l'emploi de chef de mission des juridictions financières ont vocation à exercer leurs fonctions à la Cour des comptes, dans les chambres régionales et territoriales des comptes ainsi que dans les institutions associées à la Cour des comptes prévues au livre III du code des juridictions financières.
Ils sont chargés de fonctions de coordination, d'expertise ou de conseil comportant des responsabilités particulièrement importantes et impliquant un haut niveau de qualification en matière administrative, juridique ou financière.
Les chefs de mission occupant un emploi doté d'un échelon spécial sont, en outre, chargés de fonctions d'encadrement.