La liste des comités thématiques ainsi que le mandat, la composition, la durée d'activité et la liste des membres et des suppléants éventuels de chacun d'entre eux sont fixés par arrêté du ministre d'Etat, ministre de l'écologie, du développement et de l'aménagement durables.
Les membres et les suppléants de chaque comité thématique sont choisis au sein des directions d'administration centrale, des services déconcentrés, des établissements publics, des entreprises chargées de missions de service public, des services techniques des collectivités territoriales et des professions qui sont intéressés par le domaine d'activité correspondant du centre d'études techniques maritimes et fluviales.