La composition du comité est fixée par périodes de trois ans.
Le président, les représentants des services déconcentrés du ministère de l'écologie, du développement et de l'aménagement durables, les membres de l'enseignement supérieur et de la recherche, les représentants du personnel et les personnalités extérieures à l'administration de l'Etat ainsi que les suppléants sont désignés par arrêté du ministre d'Etat, ministre de l'écologie, du développement et de l'aménagement durables.