La commission se réunit au minimum une fois par an à l'initiative conjointe de ses coprésidents.
Lors des réunions, les membres peuvent être accompagnés d'experts.
La commission peut créer des groupes de travail composés d'experts chargés de préciser les problèmes et d'y proposer des projets de solutions, en examinant les conditions de réalisation de ces projets, notamment sur les plans technique et financier.
Le secrétariat de la commission est assuré alternativement chaque année par le bureau environnement météorologique interarmées de l'état-major des armées et par le département des missions de défense de la direction de Météo-France.