Le conseil d'administration du comité est composé de représentants élus par l'assemblée générale au sein de chacun de ses collèges.
Sauf délibération contraire de l'assemblée générale, la répartition des sièges au sein du conseil est la suivante :
― collège des sélectionneurs : un siège ;
― collège des accouveurs : un siège ;
― collège des éleveurs : huit sièges ;
― collège des éleveurs-abatteurs : deux sièges ;
― collège des abatteurs : quatre sièges ;
― collège des membres associés : un siège.
Les représentants de chaque collège sont élus par les membres de celui-ci, à la majorité absolue. En cas de partage des voix, le siège à pourvoir est attribué au bénéfice de l'âge.
La durée des mandats est de quatre ans. Le conseil d'administration est renouvelé par moitié tous les deux ans selon les modalités suivantes :
― un représentant des accouveurs ou des sélectionneurs, selon un ordre initialement tiré au sort ;
― quatre représentants des éleveurs, selon un ordre initialement tiré au sort ;
― un représentant des éleveurs-abatteurs, selon un ordre initialement tiré au sort ;
― deux représentants des abatteurs, selon un ordre initialement tiré au sort.
Le premier renouvellement du représentant des membres associés a lieu au bout de quatre ans.
Les membres du conseil d'administration sont rééligibles.
En cas de décès, de démission ou de radiation de l'un des membres du conseil d'administration, celui-ci est remplacé pour la durée du mandat restant à courir par une personne élue dans les mêmes conditions au cours de l'assemblée générale suivante.
Le conseil d'administration est chargé de la gestion du comité, dont il doit assurer le bon fonctionnement. Il prend toute décision sur les questions se rattachant à l'objet du comité, conformément au programme d'action approuvé par l'assemblée générale et sous réserve des attributions expressément dévolues à celle-ci ou au bureau.