Les données à caractère personnel utilisées dans les ENT dont la liste est annexée au Schéma directeur des espaces numériques de travail (SDET) sont soit issues de systèmes d'information mis en oeuvre par le ministère de l'agriculture et de la pêche ou de systèmes d'information mis en oeuvre par le ministère de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche ou de systèmes d'information mis en oeuvre par les collectivités territoriales, soit fournies par les usagers des ENT.
Un transfert sécurisé des données à caractère personnel dans les ENT est réalisé par chaque responsable d'un ENT, à partir des systèmes d'information concernant les élèves, les apprentis et les différentes catégories de personnel relevant de l'établissement concerné.