L'agrément peut être refusé par arrêté motivé, notamment si l'organisme demandeur ne dispose pas des compétences nécessaires dans le domaine du froid et de la climatisation et si les moyens qu'il propose de mettre en oeuvre pour remplir ses obligations sont jugés insuffisants. L'agrément peut aussi être refusé si les mesures devant assurer la séparation de sa mission de délivrance des agréments avec d'autres activités exercées dans le domaine du froid et de la climatisation sont insuffisantes.
La proposition de refus d'agrément est portée à la connaissance de l'organisme demandeur, qui dispose d'un délai de dix jours à compter de sa réception pour présenter ses observations.