La présidence du comité technique paritaire unique est assurée conjointement par le ministre chargé de l'économie, des finances et de l'emploi et le ministre chargé du budget, des comptes publics et de la fonction publique. En cas d'absence ou d'empêchement de l'un d'eux, l'autre ministre préside seul le comité. En cas d'absence ou d'empêchement des deux ministres, le comité est présidé par leur représentant.