L'agrément peut être retiré par le ministre chargé de l'enseignement supérieur ou le ministre chargé de la recherche, sur proposition ou sur avis conforme du ministre de l'intérieur, après mise en demeure de l'organisme concerné dans les conditions suivantes :
― s'il apparaît que l'organisme ou l'établissement au titre duquel celui-ci est agréé ne remplit plus les conditions de statut ou d'activité qui avaient permis son agrément ;
― s'il apparaît que cet organisme ou établissement n'a pas respecté la législation du travail ;
― si un détournement des dispositions législatives et réglementaires relatives à l'entrée, au séjour et au travail des étrangers en France est constaté, tel que notamment :
1° La délivrance d'une convention d'accueil à un scientifique étranger exerçant une activité principale différente de celle pour laquelle lui a été délivrée la convention d'accueil, ou exerçant cette activité au service d'un autre organisme non agréé ;
2° La délivrance d'une convention d'accueil à un ressortissant étranger qui n'a pas les qualifications déclarées.
L'organisme qui s'est livré à un tel détournement ne peut solliciter de nouvel agrément avant un délai de trois ans suivant la décision de retrait d'agrément.