Le directeur est chargé de la conduite générale de l'établissement dans les domaines sanitaire, social et médico-social, de l'animation et de la coordination des actions, du management et de la gestion des ressources humaines de l'établissement et de l'évaluation des politiques et des actions conduites dans le cadre du projet d'établissement.
Le directeur est responsable de la bonne marche de l'établissement et il assure sa gestion administrative et financière.
Lorsque l'établissement possède la personnalité morale, le directeur est ordonnateur des dépenses. Il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile. Il assure la préparation et coordonne la mise en œuvre des délibérations du conseil d'administration. Il recrute et nomme les personnels de l'établissement, à l'exception des personnels de direction. Il a autorité sur l'ensemble des personnels dans le respect de la déontologie médicale.
Lorsque l'établissement n'a pas la personnalité morale, le directeur exerce ses fonctions par délégation de l'autorité compétente de la personne publique dont dépend l'établissement. Cette délégation fait l'objet d'un arrêté du président de l'organe délibérant.