Les articles R. 411-5, R. 411-6 et R. 411-8 entrent en vigueur, pour chaque port, à la fin de la mission de gestion des voies ferrées portuaires exercée par la SNCF en application de l'article 6 de l'ordonnance du 2 août 2005 susvisée et au plus tard le 31 décembre 2008. Les règles antérieures portant sur la sécurité de l'exploitation et des circulations ferroviaires restent applicables jusqu'à l'entrée en vigueur de l'article R. 411-6.