Le conseil se réunit au moins deux fois dans l'année sur convocation du président, qui en fixe l'ordre du jour.
Le président peut procéder à une consultation écrite des membres du conseil.
Le conseil est également convoqué soit à la demande du ministre chargé de la pêche en eau douce, soit à la demande de la majorité de ses membres. L'ordre du jour de la réunion comporte alors prioritairement les questions pour lesquelles elle a été convoquée.
Le conseil ne délibère valablement que si la moitié de ses membres est présente ou représentée. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil se réunit de droit dans un délai d'au moins deux semaines. Les délibérations sont alors acquises à la majorité des membres présents ou représentés.
Le ministre chargé de la pêche en eau douce est informé des réunions du conseil, auxquelles il peut participer ou se faire représenter, et dont les délibérations lui sont transmises.
En cas de vacance d'un poste d'administrateur, l'assemblée procède à une élection complémentaire pour son remplacement.